Fenotipado Clínico y Molecular (CMP)

Línea 1: Desarrollo de biomarcadores
Esta línea transversal se centra en el desarrollo de biomarcadores, con especial atención a los ARN no codificantes. El grupo cuenta con una amplia experiencia en todo el flujo de trabajo de los biomarcadores, incluyendo el manejo preanalítico, los procesos de laboratorio y el análisis y la interpretación bioinformática/bioestadística. El objetivo principal es identificar biomarcadores robustos que puedan aplicarse en diferentes entornos clínicos.

Actividades clave

Diseñar y estandarizar los flujos de trabajo preanalíticos para muestras de sangre y clínicas.
Desarrollar y optimizar ensayos de biomarcadores de ARN no codificante (microARN circulantes y otros ARN pequeños) utilizando RT-qPCR y ómicas dirigidas.
Implementar procedimientos de control de calidad y control de contaminación para flujos de trabajo de ARN reproducibles.
Crear procesos bioinformáticos/bioestadísticos armonizados para un análisis sólido.
Seleccionar paneles de biomarcadores mínimos y clínicamente viables y definir umbrales de notificación para su implementación.
Apoyar la comparabilidad multicéntrica mediante actividades de evaluación comparativa (por ejemplo, ensayos en anillo) y procedimientos operativos estándar compartidos.
Traducir los hallazgos de biomarcadores en herramientas prácticas para la evaluación clínica en diferentes áreas de enfermedad.

Línea 2: Biomarcadores de infección centrados en los ARN no codificantes derivados de patógenos.
Esta línea desarrolla paneles de biomarcadores relacionados con la infección que incorporan ARN no codificantes derivados de patógenos, un área innovadora y poco explorada con un gran potencial traslacional. Prioridades actuales:
i) MicroARN codificados por virus.

Indicadores de reactivación viral en pacientes críticos.
Biomarcadores para el seguimiento posinfeccioso y las complicaciones relacionadas con la infección

ii) Firmas de ARN pequeño para la aspergilosis pulmonar invasiva

Integración de fragmentos derivados del ARNt y otros ARN pequeños
Apoyo al diagnóstico precoz de esta infección fúngica potencialmente mortal

iii) Paneles integrados de ARN no codificante derivado de bacterias y del huésped

Información sobre los patrones de resistencia a los antimicrobianos
Apoyo a estrategias de tratamiento antimicrobiano personalizadas

Línea 3: Síndromes posinfecciosos.

Esta línea utiliza el fenotipado molecular para identificar endotipos clínicamente significativos y perfiles de biomarcadores en afecciones posinfecciosas, incluidas las trayectorias poscríticas y posvirales (por ejemplo, COVID prolongado). El objetivo es pasar de síntomas heterogéneos a patrones biológicos medibles que respalden el seguimiento y una atención más personalizada.

Objetivos clave

Definir endotipos utilizando datos moleculares integrados (por ejemplo, ARN no codificantes y marcadores específicos seleccionados) junto con fenotipos clínicos detallados.
Caracterizar las firmas moleculares relacionadas con los síntomas persistentes, la disfunción orgánica y las complicaciones a largo plazo.
Asociar los endotipos con los resultados clínicos y las trayectorias de recuperación, lo que permite la estratificación del riesgo a lo largo del tiempo.
Desarrollar paneles de biomarcadores prácticos para apoyar el seguimiento, la estratificación de los pacientes y, cuando sea apropiado, la toma de decisiones terapéuticas.