Fenotipat Clínic i Molecular (CMP)
Línia 1: Desenvolupament de biomarcadores
Aquesta línia transversal se centra en el desenvolupament de biomarcadors, amb especial atenció als ARN no codificants. El grup compta amb una àmplia experiència en tot el flux de treball dels biomarcadors, incloent-hi el maneig preanalític, els processos de laboratori i l'anàlisi i la interpretació bioinformàtica/bioestadística. L'objectiu principal és identificar biomarcadors robustos que puguin aplicar-se en diferents entorns clínics.
Activitats clau
- Dissenyar i estandarditzar els fluxos de treball preanalítics per a mostres de sang i clíniques.
- Desenvolupar i optimitzar assajos de biomarcadors d'ARN no codificant (microARN circulants i altres ARN petits) utilitzant RT-qPCR i òmiques dirigides.
- Implementar procediments de control de qualitat i control de contaminació per a fluxos de treball d'ARN reproduïbles.
- Crear processos bioinformàtics/bioestadístics harmonitzats per a una anàlisi sòlida.
- Seleccionar panells de biomarcadors mínims i clínicament viables i definir llindars de notificació per a la seva implementació.
- Donar suport a la comparabilitat multicèntrica mitjançant activitats d'avaluació comparativa (per exemple, assajos en anell) i procediments operatius estàndard compartits.
- Traduir les troballes de biomarcadors en eines pràctiques per a l'avaluació clínica en diferents àrees de malaltia.
Línia 2: Biomarcadores d'infecció centrats en els ARN no codificants derivats de patògens.
Aquesta línia desenvolupa panells de biomarcadors relacionats amb la infecció que incorporen ARN no codificants derivats de patògens, una àrea innovadora i poc explorada amb un gran potencial translacional. Prioritats actuals:
i) MicroARN codificats per virus.
- Indicadors de reactivació viral en pacients crítics.
- Biomarcadors per al seguiment postinfecciós i les complicacions relacionades amb la infecció
ii) Signatures d'ARN petit per a l’aspergilosis pulmonar invasiva
- Integració de fragments derivats del ARNt i altres ARN petits
- Suport al diagnòstic precoç d'aquesta infecció fúngica potencialment mortal
iii) Panells integrats d'ARN no codificant derivat de bacteris i de l'hoste
- Informació sobre els patrons de resistència als antimicrobians
- Suport a estratègies de tractament antimicrobià personalitzades
Línia 3: Síndromes postinfeccioses.
Aquesta línia utilitza el fenotipat molecular per a identificar endotips clínicament significatius i perfils de biomarcadors en afeccions postinfeccioses, incloses les trajectòries postcrítiques i postvirals (per exemple, COVID persistent). L'objectiu és passar de símptomes heterogenis a patrons biològics mesurables que recolzin el seguiment i una atenció més personalitzada.
Objectius clau
- Definir endotips utilitzant dades moleculars integrades (per exemple, ARN no codificants i marcadors específics seleccionats) juntament amb fenotips clínics detallats.
- Caracteritzar les signatures moleculars relacionades amb els símptomes persistents, la disfunció orgànica i les complicacions a llarg termini.
- Associar els endotips amb els resultats clínics i les trajectòries de recuperació, la qual cosa permet l'estratificació del risc al llarg del temps.
- Desenvolupar panells de biomarcadors pràctics per a donar suport al seguiment, l'estratificació dels pacients i, quan sigui apropiat, la presa de decisions terapèutiques.
